.. DO NOT EDIT. .. THIS FILE WAS AUTOMATICALLY GENERATED BY SPHINX-GALLERY. .. TO MAKE CHANGES, EDIT THE SOURCE PYTHON FILE: .. "_examples\indexes\plot_asai_b_multiple.py" .. LINE NUMBERS ARE GIVEN BELOW. .. only:: html .. note:: :class: sphx-glr-download-link-note :ref:`Go to the end ` to download the full example code .. rst-class:: sphx-glr-example-title .. _sphx_glr__examples_indexes_plot_asai_b_multiple.py: ``ASAI`` - By gram stain (multiple) ----------------------------------- .. GENERATED FROM PYTHON SOURCE LINES 6-253 .. rst-class:: sphx-glr-horizontal * .. image-sg:: /_examples/indexes/images/sphx_glr_plot_asai_b_multiple_001.png :alt: Gram-positive, Gram-negative, Gram-unknown :srcset: /_examples/indexes/images/sphx_glr_plot_asai_b_multiple_001.png :class: sphx-glr-multi-img * .. image-sg:: /_examples/indexes/images/sphx_glr_plot_asai_b_multiple_002.png :alt: Gram-positive, Gram-negative, Gram-unknown :srcset: /_examples/indexes/images/sphx_glr_plot_asai_b_multiple_002.png :class: sphx-glr-multi-img * .. image-sg:: /_examples/indexes/images/sphx_glr_plot_asai_b_multiple_003.png :alt: Gram-positive, Gram-negative, Gram-unknown :srcset: /_examples/indexes/images/sphx_glr_plot_asai_b_multiple_003.png :class: sphx-glr-multi-img * .. image-sg:: /_examples/indexes/images/sphx_glr_plot_asai_b_multiple_004.png :alt: Gram-positive, Gram-negative, Gram-unknown :srcset: /_examples/indexes/images/sphx_glr_plot_asai_b_multiple_004.png :class: sphx-glr-multi-img * .. image-sg:: /_examples/indexes/images/sphx_glr_plot_asai_b_multiple_005.png :alt: Gram-positive, Gram-negative, Gram-unknown :srcset: /_examples/indexes/images/sphx_glr_plot_asai_b_multiple_005.png :class: sphx-glr-multi-img .. rst-class:: sphx-glr-script-out .. code-block:: none Data: date_received date_outcome patient_id laboratory_number specimen_code specimen_name specimen_description ... microorganism_name antimicrobial_code antimicrobial_name sensitivity_method sensitivity mic reported 0 2009-01-03 NaN 20091 X428501 BLDCUL NaN blood ... klebsiella AAMI amikacin NaN sensitive NaN NaN 1 2009-01-03 NaN 20091 X428501 BLDCUL NaN blood ... klebsiella AAMO amoxycillin NaN resistant NaN NaN 2 2009-01-03 NaN 20091 X428501 BLDCUL NaN blood ... klebsiella AAUG augmentin NaN sensitive NaN NaN 3 2009-01-03 NaN 20091 X428501 BLDCUL NaN blood ... klebsiella AAZT aztreonam NaN sensitive NaN NaN 4 2009-01-03 NaN 20091 X428501 BLDCUL NaN blood ... klebsiella ACAZ ceftazidime NaN sensitive NaN NaN ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .. ... 319117 2009-12-31 NaN 24645 H2012337 BLDCUL NaN blood ... enterococcus AAMO amoxycillin NaN sensitive NaN NaN 319118 2009-12-31 NaN 24645 H2012337 BLDCUL NaN blood ... enterococcus ALIN linezolid NaN sensitive NaN NaN 319119 2009-12-31 NaN 24645 H2012337 BLDCUL NaN blood ... enterococcus ASYN synercid NaN resistant NaN NaN 319120 2009-12-31 NaN 24645 H2012337 BLDCUL NaN blood ... enterococcus ATEI teicoplanin NaN sensitive NaN NaN 319121 2009-12-31 NaN 24645 H2012337 BLDCUL NaN blood ... enterococcus AVAN vancomycin NaN sensitive NaN NaN [319122 rows x 15 columns] Columns: Index(['date_received', 'date_outcome', 'patient_id', 'laboratory_number', 'specimen_code', 'specimen_name', 'specimen_description', 'microorganism_code', 'microorganism_name', 'antimicrobial_code', 'antimicrobial_name', 'sensitivity_method', 'sensitivity', 'mic', 'reported'], dtype='object') SARI (overall): intermediate resistant sensitive freq sari specimen_code microorganism_name antimicrobial_name BFLCUL anaerobes metronidazole 0.0 0.0 1.0 1.0 0.0000 bacillus ciprofloxacin 0.0 0.0 1.0 1.0 0.0000 clindamycin 0.0 3.0 1.0 4.0 0.7500 erythromycin 0.0 1.0 3.0 4.0 0.2500 fusidic acid 0.0 3.0 1.0 4.0 0.7500 ... ... ... ... ... ... XINCUL streptococcus beta-haemolytic group b cephalexin 0.0 1.0 0.0 1.0 1.0000 clindamycin 0.0 1.0 8.0 9.0 0.1111 erythromycin 0.0 1.0 8.0 9.0 0.1111 penicillin 0.0 0.0 9.0 9.0 0.0000 tetracycline 0.0 8.0 1.0 9.0 0.8889 [4491 rows x 5 columns] ASAI (overall): N_GENUS N_SPECIE ASAI_SCORE width gmean gram_stain n p u n p u n p u specimen_code antimicrobial_name BFLCUL amoxycillin 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 1.0000 cefixime 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 1.0000 cefotaxime 1.0 1.0 NaN 1.0 1.0 NaN 1.0 1.0 NaN 2.0 1.0000 ceftriaxone 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 1.0000 chloramphenicol 1.0 1.0 NaN 1.0 1.0 NaN 1.0 1.0 NaN 2.0 1.0000 ... ... ... .. ... ... .. ... ... .. ... ... XINCUL tetracycline NaN 2.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5 NaN 0.5 0.7071 timentin 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.0 NaN NaN 0.0 0.0000 tobramycin 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.5 NaN NaN 0.5 0.7071 trimethoprim NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN 1.0 1.0000 vancomycin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN 1.0 1.0000 [600 rows x 11 columns] Cultures: specimen_code URICUL 116627.0 WOUCUL 94918.0 XINCUL 21427.0 SPTCUL 21113.0 BLDCUL 20333.0 ENTCUL 13110.0 T&FCUL 8150.0 MRSCUL 7865.0 VAGCUL 7425.0 EYECUL 2839.0 GUMCUL 1634.0 FAECUL 1317.0 URECUL 802.0 TISCUL 474.0 BFLCUL 450.0 SEMCUL 290.0 NEOCUL 213.0 PDFCUL 68.0 CSFCUL 32.0 RGNS 20.0 FUNSTC 14.0 TBCUL 1.0 Name: freq, dtype: float64 ASAI (BLDCUL) specimen_code antimicrobial_name N_GENUS N_SPECIE ASAI_SCORE width gmean gram_stain n p u n p u n p u 45 BLDCUL gentamicin 9.0 3.0 1.0 9.0 4.0 1.0 0.8889 1.0000 1.0 2.8889 0.9428 23 BLDCUL amikacin 7.0 1.0 1.0 7.0 1.0 1.0 0.8571 1.0000 1.0 2.8571 0.9258 35 BLDCUL ciprofloxacin 11.0 2.0 1.0 11.0 3.0 1.0 0.9091 0.2500 1.0 2.1591 0.4767 46 BLDCUL imipenem 8.0 NaN 1.0 8.0 NaN 1.0 1.0000 NaN 1.0 2.0000 1.0000 32 BLDCUL ceftriaxone 2.0 2.0 NaN 2.0 8.0 NaN 1.0000 1.0000 NaN 2.0000 1.0000 58 BLDCUL tazocin 8.0 NaN 1.0 8.0 NaN 1.0 1.0000 NaN 1.0 2.0000 1.0000 49 BLDCUL meropenem 8.0 NaN 1.0 8.0 NaN 1.0 1.0000 NaN 1.0 2.0000 1.0000 55 BLDCUL rifampicin 1.0 2.0 NaN 1.0 3.0 NaN 1.0000 1.0000 NaN 2.0000 1.0000 61 BLDCUL tetracycline 2.0 3.0 NaN 2.0 10.0 NaN 1.0000 0.9048 NaN 1.9048 0.9512 62 BLDCUL timentin 6.0 NaN 1.0 6.0 NaN 1.0 0.8333 NaN 1.0 1.8333 0.9129 26 BLDCUL augmentin 9.0 NaN 1.0 9.0 NaN 1.0 0.7778 NaN 1.0 1.7778 0.8819 28 BLDCUL cefotaxime 9.0 2.0 1.0 9.0 8.0 1.0 0.6667 1.0000 0.0 1.6667 0.0000 39 BLDCUL cotrimoxazole 7.0 NaN 1.0 7.0 NaN 1.0 0.5714 NaN 1.0 1.5714 0.7559 33 BLDCUL cefuroxime 9.0 1.0 1.0 9.0 2.0 1.0 0.5556 1.0000 0.0 1.5556 0.0000 63 BLDCUL tobramycin 6.0 NaN 1.0 6.0 NaN 1.0 0.5000 NaN 1.0 1.5000 0.7071 25 BLDCUL amp c markers 3.0 NaN 1.0 3.0 NaN 1.0 0.3333 NaN 1.0 1.3333 0.5774 24 BLDCUL amoxycillin 9.0 3.0 1.0 9.0 9.0 1.0 0.2222 1.0000 0.0 1.2222 0.0000 51 BLDCUL moxifloxacin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 57 BLDCUL synercid NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 52 BLDCUL mupirocin NaN 1.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 56 BLDCUL sulphamethoxazole 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN NaN 1.0000 1.0000 34 BLDCUL chloramphenicol 2.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 1.0000 NaN NaN 1.0000 1.0000 59 BLDCUL teicoplanin NaN 3.0 NaN NaN 10.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 47 BLDCUL levofloxacin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 48 BLDCUL linezolid NaN 3.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 65 BLDCUL vancomycin NaN 4.0 NaN NaN 11.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 41 BLDCUL erythromycin 1.0 4.0 NaN 1.0 11.0 NaN 0.0000 0.8393 NaN 0.8393 0.0000 40 BLDCUL ertapenem 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.8000 NaN NaN 0.8000 0.8944 43 BLDCUL flucloxacillin NaN 2.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.7500 NaN 0.7500 0.8660 60 BLDCUL temocillin 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.7500 NaN NaN 0.7500 0.8660 31 BLDCUL ceftazidime 8.0 NaN 1.0 8.0 NaN 1.0 0.7500 NaN 0.0 0.7500 0.0000 37 BLDCUL clindamycin NaN 2.0 NaN NaN 7.0 NaN NaN 0.7500 NaN 0.7500 0.8660 54 BLDCUL penicillin 1.0 4.0 NaN 1.0 11.0 NaN 0.0000 0.7500 NaN 0.7500 0.0000 38 BLDCUL colistin sulphate 7.0 NaN 1.0 7.0 NaN 1.0 0.7143 NaN 0.0 0.7143 0.0000 53 BLDCUL oxacillin NaN 1.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.6667 NaN 0.6667 0.8165 30 BLDCUL cefpodoxime 7.0 NaN 1.0 7.0 NaN 1.0 0.5714 NaN 0.0 0.5714 0.0000 36 BLDCUL clarithromycin 2.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5000 NaN NaN 0.5000 0.7071 27 BLDCUL aztreonam 6.0 NaN NaN 6.0 NaN NaN 0.5000 NaN NaN 0.5000 0.7071 64 BLDCUL trimethoprim NaN 1.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5000 NaN 0.5000 0.7071 44 BLDCUL fusidic acid NaN 1.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5000 NaN 0.5000 0.7071 29 BLDCUL cefoxitin 7.0 NaN 1.0 7.0 NaN 1.0 0.4286 NaN 0.0 0.4286 0.0000 50 BLDCUL mls markers NaN 2.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.0000 NaN 0.0000 0.0000 42 BLDCUL esbl markers 2.0 NaN 1.0 2.0 NaN 1.0 0.0000 NaN 0.0 0.0000 0.0000 ASAI (SPTCUL) specimen_code antimicrobial_name N_GENUS N_SPECIE ASAI_SCORE width gmean gram_stain n p u n p u n p u 302 SPTCUL cefuroxime 8.0 1.0 NaN 8.0 1.0 NaN 0.7500 1.0000 NaN 1.7500 0.8660 297 SPTCUL cefotaxime 8.0 1.0 NaN 8.0 1.0 NaN 0.7500 1.0000 NaN 1.7500 0.8660 318 SPTCUL meropenem 7.0 1.0 NaN 7.0 1.0 NaN 0.7143 1.0000 NaN 1.7143 0.8452 314 SPTCUL gentamicin 7.0 2.0 NaN 7.0 3.0 NaN 0.7143 1.0000 NaN 1.7143 0.8452 328 SPTCUL tetracycline 2.0 3.0 NaN 2.0 7.0 NaN 1.0000 0.5000 NaN 1.5000 0.7071 292 SPTCUL amoxycillin 8.0 1.0 NaN 8.0 1.0 NaN 0.2500 1.0000 NaN 1.2500 0.5000 304 SPTCUL ciprofloxacin 9.0 3.0 NaN 9.0 4.0 NaN 0.6667 0.5000 NaN 1.1667 0.5774 322 SPTCUL oxacillin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 321 SPTCUL mupirocin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 301 SPTCUL ceftriaxone NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 326 SPTCUL teicoplanin NaN 2.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 303 SPTCUL chloramphenicol NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 320 SPTCUL moxifloxacin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 317 SPTCUL linezolid NaN 3.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 316 SPTCUL levofloxacin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 310 SPTCUL erythromycin 2.0 3.0 NaN 2.0 7.0 NaN 0.5000 0.5000 NaN 1.0000 0.5000 332 SPTCUL vancomycin NaN 3.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 324 SPTCUL rifampicin NaN 3.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.8333 NaN 0.8333 0.9129 306 SPTCUL clindamycin NaN 3.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.8333 NaN 0.8333 0.9129 331 SPTCUL trimethoprim NaN 2.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.7500 NaN 0.7500 0.8660 325 SPTCUL tazocin 7.0 NaN NaN 7.0 NaN NaN 0.7143 NaN NaN 0.7143 0.8452 315 SPTCUL imipenem 7.0 NaN NaN 7.0 NaN NaN 0.7143 NaN NaN 0.7143 0.8452 291 SPTCUL amikacin 7.0 NaN NaN 7.0 NaN NaN 0.7143 NaN NaN 0.7143 0.8452 307 SPTCUL colistin sulphate 7.0 NaN NaN 7.0 NaN NaN 0.7143 NaN NaN 0.7143 0.8452 300 SPTCUL ceftazidime 7.0 NaN NaN 7.0 NaN NaN 0.7143 NaN NaN 0.7143 0.8452 323 SPTCUL penicillin NaN 3.0 NaN NaN 7.0 NaN NaN 0.6667 NaN 0.6667 0.8165 298 SPTCUL cefoxitin 6.0 NaN NaN 6.0 NaN NaN 0.6667 NaN NaN 0.6667 0.8165 330 SPTCUL tobramycin 6.0 NaN NaN 6.0 NaN NaN 0.6667 NaN NaN 0.6667 0.8165 308 SPTCUL cotrimoxazole 6.0 1.0 NaN 6.0 1.0 NaN 0.6667 0.0000 NaN 0.6667 0.0000 299 SPTCUL cefpodoxime 6.0 NaN NaN 6.0 NaN NaN 0.6667 NaN NaN 0.6667 0.8165 294 SPTCUL augmentin 8.0 NaN NaN 8.0 NaN NaN 0.5000 NaN NaN 0.5000 0.7071 296 SPTCUL aztreonam 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.5000 NaN NaN 0.5000 0.7071 313 SPTCUL fusidic acid NaN 2.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.5000 NaN 0.5000 0.7071 305 SPTCUL clarithromycin 2.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5000 NaN NaN 0.5000 0.7071 312 SPTCUL flucloxacillin NaN 1.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5000 NaN 0.5000 0.7071 329 SPTCUL timentin 7.0 NaN NaN 7.0 NaN NaN 0.4286 NaN NaN 0.4286 0.6547 327 SPTCUL temocillin 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.3333 NaN NaN 0.3333 0.5774 309 SPTCUL ertapenem 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.3333 NaN NaN 0.3333 0.5774 311 SPTCUL esbl markers 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 0.0000 NaN NaN 0.0000 0.0000 295 SPTCUL azithromycin 1.0 1.0 NaN 1.0 1.0 NaN 0.0000 0.0000 NaN 0.0000 0.0000 319 SPTCUL mls markers NaN 2.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.0000 NaN 0.0000 0.0000 293 SPTCUL amp c markers 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 0.0000 NaN NaN 0.0000 0.0000 ASAI (URICUL) specimen_code antimicrobial_name N_GENUS N_SPECIE ASAI_SCORE width gmean gram_stain n p u n p u n p u 478 URICUL tetracycline 1.0 2.0 NaN 1.0 6.0 NaN 1.0000 0.8333 NaN 1.8333 0.9129 462 URICUL gentamicin 5.0 1.0 NaN 5.0 3.0 NaN 0.8000 1.0000 NaN 1.8000 0.8944 443 URICUL amoxycillin 2.0 2.0 NaN 2.0 7.0 NaN 0.5000 0.8333 NaN 1.3333 0.6455 449 URICUL cefpodoxime 5.0 2.0 NaN 5.0 5.0 NaN 0.4000 0.8333 NaN 1.2333 0.5774 453 URICUL ciprofloxacin 6.0 2.0 NaN 6.0 7.0 NaN 0.3333 0.8750 NaN 1.2083 0.5401 481 URICUL trimethoprim 5.0 2.0 NaN 5.0 7.0 NaN 0.2000 1.0000 NaN 1.2000 0.4472 445 URICUL augmentin 5.0 2.0 NaN 5.0 7.0 NaN 0.2000 1.0000 NaN 1.2000 0.4472 470 URICUL nitrofurantoin 5.0 2.0 NaN 5.0 7.0 NaN 0.2000 1.0000 NaN 1.2000 0.4472 452 URICUL cephalexin 5.0 2.0 NaN 5.0 7.0 NaN 0.2000 0.8750 NaN 1.0750 0.4183 460 URICUL flucloxacillin 1.0 1.0 NaN 1.0 3.0 NaN 0.0000 1.0000 NaN 1.0000 0.0000 476 URICUL teicoplanin NaN 2.0 NaN NaN 7.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 473 URICUL rifampicin NaN 1.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 469 URICUL naladixic acid 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN NaN 1.0000 1.0000 468 URICUL mupirocin NaN 1.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 464 URICUL linezolid NaN 1.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 482 URICUL vancomycin NaN 2.0 NaN NaN 7.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 454 URICUL clindamycin NaN 2.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 458 URICUL erythromycin NaN 2.0 NaN NaN 6.0 NaN NaN 0.8333 NaN 0.8333 0.9129 455 URICUL colistin sulphate 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.8000 NaN NaN 0.8000 0.8944 475 URICUL tazocin 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.8000 NaN NaN 0.8000 0.8944 442 URICUL amikacin 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.8000 NaN NaN 0.8000 0.8944 479 URICUL timentin 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.7500 NaN NaN 0.7500 0.8660 471 URICUL novobiocin 1.0 1.0 NaN 1.0 3.0 NaN 0.0000 0.6667 NaN 0.6667 0.0000 446 URICUL aztreonam 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.6667 NaN NaN 0.6667 0.8165 461 URICUL fusidic acid NaN 1.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.6667 NaN 0.6667 0.8165 477 URICUL temocillin 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.6667 NaN NaN 0.6667 0.8165 457 URICUL ertapenem 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.6667 NaN NaN 0.6667 0.8165 463 URICUL imipenem 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.6000 NaN NaN 0.6000 0.7746 480 URICUL tobramycin 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.6000 NaN NaN 0.6000 0.7746 450 URICUL ceftazidime 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.6000 NaN NaN 0.6000 0.7746 466 URICUL meropenem 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.6000 NaN NaN 0.6000 0.7746 472 URICUL penicillin 1.0 2.0 NaN 1.0 6.0 NaN 0.0000 0.5000 NaN 0.5000 0.0000 474 URICUL sulphamethoxazole 2.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5000 NaN NaN 0.5000 0.7071 465 URICUL mecillinam 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.4000 NaN NaN 0.4000 0.6325 448 URICUL cefoxitin 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.4000 NaN NaN 0.4000 0.6325 456 URICUL cotrimoxazole 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.3333 NaN NaN 0.3333 0.5774 467 URICUL mls markers NaN 1.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.3333 NaN 0.3333 0.5774 444 URICUL amp c markers 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.2500 NaN NaN 0.2500 0.5000 459 URICUL esbl markers 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.2000 NaN NaN 0.2000 0.4472 447 URICUL cefotaxime 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.2000 NaN NaN 0.2000 0.4472 451 URICUL cefuroxime 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.0000 NaN NaN 0.0000 0.0000 ASAI (WOUCUL) specimen_code antimicrobial_name N_GENUS N_SPECIE ASAI_SCORE width gmean gram_stain n p u n p u n p u 531 WOUCUL ceftriaxone 1.0 1.0 NaN 1.0 1.0 NaN 1.0000 1.0000 NaN 2.0000 1.0000 527 WOUCUL cefotaxime 7.0 1.0 NaN 7.0 2.0 NaN 0.5714 1.0000 NaN 1.5714 0.7559 545 WOUCUL gentamicin 8.0 1.0 NaN 8.0 2.0 NaN 1.0000 0.5000 NaN 1.5000 0.7071 523 WOUCUL amoxycillin 8.0 1.0 NaN 8.0 3.0 NaN 0.3750 1.0000 NaN 1.3750 0.6124 532 WOUCUL cefuroxime 7.0 1.0 NaN 7.0 1.0 NaN 0.2857 1.0000 NaN 1.2857 0.5345 535 WOUCUL ciprofloxacin 9.0 2.0 NaN 10.0 5.0 NaN 0.6667 0.4167 NaN 1.0833 0.5270 556 WOUCUL temocillin 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 1.0000 NaN NaN 1.0000 1.0000 555 WOUCUL teicoplanin NaN 2.0 NaN NaN 8.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 553 WOUCUL rifampicin NaN 2.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 551 WOUCUL oxacillin NaN 1.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 558 WOUCUL tigecycline 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN NaN 1.0000 1.0000 560 WOUCUL tobramycin 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 1.0000 NaN NaN 1.0000 1.0000 533 WOUCUL cephalexin NaN 1.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 550 WOUCUL mupirocin NaN 1.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 548 WOUCUL meropenem 8.0 NaN NaN 8.0 NaN NaN 1.0000 NaN NaN 1.0000 1.0000 547 WOUCUL linezolid NaN 2.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 546 WOUCUL imipenem 8.0 NaN NaN 8.0 NaN NaN 1.0000 NaN NaN 1.0000 1.0000 539 WOUCUL daptomycin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 540 WOUCUL ertapenem 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 1.0000 NaN NaN 1.0000 1.0000 562 WOUCUL vancomycin NaN 2.0 NaN NaN 8.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 522 WOUCUL amikacin 6.0 NaN NaN 6.0 NaN NaN 1.0000 NaN NaN 1.0000 1.0000 534 WOUCUL chloramphenicol NaN 2.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 1.0000 NaN 1.0000 1.0000 557 WOUCUL tetracycline 1.0 2.0 NaN 2.0 11.0 NaN 0.0000 0.8889 NaN 0.8889 0.0000 554 WOUCUL tazocin 8.0 NaN NaN 8.0 NaN NaN 0.8750 NaN NaN 0.8750 0.9354 537 WOUCUL colistin sulphate 6.0 NaN NaN 6.0 NaN NaN 0.8333 NaN NaN 0.8333 0.9129 541 WOUCUL erythromycin NaN 2.0 NaN NaN 11.0 NaN NaN 0.7500 NaN 0.7500 0.8660 561 WOUCUL trimethoprim NaN 2.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.7500 NaN 0.7500 0.8660 528 WOUCUL cefoxitin 7.0 1.0 NaN 7.0 1.0 NaN 0.7143 0.0000 NaN 0.7143 0.0000 536 WOUCUL clindamycin NaN 2.0 NaN NaN 9.0 NaN NaN 0.6786 NaN 0.6786 0.8238 538 WOUCUL cotrimoxazole 6.0 NaN NaN 6.0 NaN NaN 0.6667 NaN NaN 0.6667 0.8165 526 WOUCUL aztreonam 5.0 NaN NaN 5.0 NaN NaN 0.6000 NaN NaN 0.6000 0.7746 529 WOUCUL cefpodoxime 7.0 NaN NaN 7.0 NaN NaN 0.5714 NaN NaN 0.5714 0.7559 530 WOUCUL ceftazidime 7.0 NaN NaN 7.0 NaN NaN 0.5714 NaN NaN 0.5714 0.7559 559 WOUCUL timentin 7.0 NaN NaN 7.0 NaN NaN 0.5714 NaN NaN 0.5714 0.7559 543 WOUCUL flucloxacillin NaN 1.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5000 NaN 0.5000 0.7071 544 WOUCUL fusidic acid NaN 1.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5000 NaN 0.5000 0.7071 552 WOUCUL penicillin NaN 2.0 NaN NaN 11.0 NaN NaN 0.5000 NaN 0.5000 0.7071 525 WOUCUL augmentin 6.0 NaN NaN 6.0 NaN NaN 0.3333 NaN NaN 0.3333 0.5774 524 WOUCUL amp c markers 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.3333 NaN NaN 0.3333 0.5774 549 WOUCUL mls markers NaN 2.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.0000 NaN 0.0000 0.0000 542 WOUCUL esbl markers 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.0000 NaN NaN 0.0000 0.0000 ASAI (XINCUL) specimen_code antimicrobial_name N_GENUS N_SPECIE ASAI_SCORE width gmean gram_stain n p u n p u n p u 584 XINCUL gentamicin 4.0 1.0 NaN 4.0 1.0 NaN 0.7500 1.0 NaN 1.7500 0.8660 599 XINCUL vancomycin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN 1.0000 1.0000 565 XINCUL amp c markers 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0000 NaN NaN 1.0000 1.0000 598 XINCUL trimethoprim NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN 1.0000 1.0000 593 XINCUL teicoplanin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN 1.0000 1.0000 591 XINCUL rifampicin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN 1.0000 1.0000 589 XINCUL mupirocin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN 1.0000 1.0000 588 XINCUL mls markers NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN 1.0000 1.0000 586 XINCUL linezolid NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN 1.0000 1.0000 583 XINCUL fusidic acid NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN 1.0000 1.0000 577 XINCUL colistin sulphate 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.7500 NaN NaN 0.7500 0.8660 592 XINCUL tazocin 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.7500 NaN NaN 0.7500 0.8660 587 XINCUL meropenem 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.7500 NaN NaN 0.7500 0.8660 585 XINCUL imipenem 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.7500 NaN NaN 0.7500 0.8660 563 XINCUL amikacin 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.7500 NaN NaN 0.7500 0.8660 569 XINCUL cefoxitin 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.6667 NaN NaN 0.6667 0.8165 578 XINCUL cotrimoxazole 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.5000 NaN NaN 0.5000 0.7071 580 XINCUL erythromycin NaN 2.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5 NaN 0.5000 0.7071 597 XINCUL tobramycin 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.5000 NaN NaN 0.5000 0.7071 576 XINCUL clindamycin NaN 2.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5 NaN 0.5000 0.7071 595 XINCUL tetracycline NaN 2.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5 NaN 0.5000 0.7071 567 XINCUL aztreonam 2.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5000 NaN NaN 0.5000 0.7071 590 XINCUL penicillin NaN 2.0 NaN NaN 2.0 NaN NaN 0.5 NaN 0.5000 0.7071 575 XINCUL ciprofloxacin 4.0 1.0 NaN 4.0 1.0 NaN 0.2500 0.0 NaN 0.2500 0.0000 571 XINCUL ceftazidime 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.2500 NaN NaN 0.2500 0.5000 568 XINCUL cefotaxime 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.0000 NaN NaN 0.0000 0.0000 566 XINCUL augmentin 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.0000 NaN NaN 0.0000 0.0000 596 XINCUL timentin 4.0 NaN NaN 4.0 NaN NaN 0.0000 NaN NaN 0.0000 0.0000 594 XINCUL temocillin 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 0.0000 NaN NaN 0.0000 0.0000 570 XINCUL cefpodoxime 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.0000 NaN NaN 0.0000 0.0000 579 XINCUL ertapenem 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 0.0000 NaN NaN 0.0000 0.0000 572 XINCUL cefuroxime 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.0000 NaN NaN 0.0000 0.0000 573 XINCUL cephalexin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 0.0 NaN 0.0000 0.0000 574 XINCUL chloramphenicol NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 0.0 NaN 0.0000 0.0000 582 XINCUL flucloxacillin NaN 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 0.0 NaN 0.0000 0.0000 564 XINCUL amoxycillin 3.0 NaN NaN 3.0 NaN NaN 0.0000 NaN NaN 0.0000 0.0000 581 XINCUL esbl markers 1.0 NaN NaN 1.0 NaN NaN 0.0000 NaN NaN 0.0000 0.0000 | .. code-block:: default :lineno-start: 7 # Import libraries import sys import numpy as np import pandas as pd import seaborn as sns import matplotlib as mpl import matplotlib.pyplot as plt # Import specific libraries from pyamr.core.asai import ASAI from pyamr.core.sari import SARI from pyamr.core.freq import Frequency from pyamr.datasets.load import make_susceptibility # ------------------------- # Configuration # ------------------------- # Configure seaborn style (context=talk) sns.set(style="white") # Set matplotlib mpl.rcParams['xtick.labelsize'] = 9 mpl.rcParams['ytick.labelsize'] = 9 mpl.rcParams['axes.titlesize'] = 11 mpl.rcParams['legend.fontsize'] = 9 # Pandas configuration pd.set_option('display.max_colwidth', 40) pd.set_option('display.width', 300) pd.set_option('display.precision', 4) # Numpy configuration np.set_printoptions(precision=2) # ------------------------------------------- # Load data # ------------------------------------------- # Load data data = make_susceptibility() # Show print("\nData:") print(data) print("\nColumns:") print(data.columns) # ------------------------------------------- # Compute SARI # ------------------------------------------- # Libraries from pyamr.core.sari import SARI # Create sari instance sari = SARI(groupby=['specimen_code', 'microorganism_name', 'antimicrobial_name', 'sensitivity']) # Compute SARI overall sari_overall = sari.compute(data, return_frequencies=True) # Show print("SARI (overall):") print(sari_overall) # ------------------------------ # Include gram stain # ------------------------------ # Libraries from pyamr.datasets.registries import MicroorganismRegistry # Load registry mreg = MicroorganismRegistry() # Format sari dataframe dataframe = sari_overall.copy(deep=True) dataframe = dataframe.reset_index() # Create genus and species dataframe[['genus', 'species']] = \ dataframe.microorganism_name \ .str.capitalize() \ .str.split(expand=True, n=1) # Combine with registry information dataframe = mreg.combine(dataframe, on='microorganism_name') # Fill missing gram stain dataframe.gram_stain = dataframe.gram_stain.fillna('u') # ------------------------------------------- # Compute ASAI # ------------------------------------------- # Import specific libraries from pyamr.core.asai import ASAI # Create asai instance asai = ASAI(column_genus='genus', column_specie='species', column_resistance='sari', column_frequency='freq') # Compute scores = asai.compute(dataframe, groupby=['specimen_code', 'antimicrobial_name', 'gram_stain'], weights='uniform', threshold=0.5, min_freq=0) # Stack scores = scores.unstack() # .. note: In order to sort the scores we need to compute metrics # that combine the different subcategories (e.g. gram-negative # and gram-positive). Two possible options are: (i) use the # gmean or (ii) the width. # Measures scores['width'] = np.abs(scores['ASAI_SCORE'].sum(axis=1)) scores['gmean'] = np.sqrt(scores['ASAI_SCORE'].product(axis=1)) # Show print("\nASAI (overall):") print(scores) # ------------------------ # Methods # ------------------------ def scalar_colormap(values, cmap, vmin, vmax): """This method creates a colormap based on values. Parameters ---------- values : array-like The values to create the corresponding colors cmap : str The colormap vmin, vmax : float The minimum and maximum possible values Returns ------- scalar colormap """ # Create scalar mappable norm = mpl.colors.Normalize(vmin=vmin, vmax=vmax, clip=True) mapper = mpl.cm.ScalarMappable(norm=norm, cmap=cmap) # Gete color map colormap = sns.color_palette([mapper.to_rgba(i) for i in values]) # Return return colormap # ------------------------------------------- # Plot # ------------------------------------------- # Reset scores = scores.reset_index() # Count records per specimen specimen_count = sari_overall \ .groupby('specimen_code').freq.sum() \ .sort_values(ascending=False) # Show print("\nCultures:") print(specimen_count) # Filter scores = scores[scores.specimen_code\ .isin(specimen_count.index.values[:5])] # Loop for specimen, df in scores.groupby(by='specimen_code'): # Sort df = df.sort_values(by='width', ascending=False) # Show print("\n\nASAI (%s)" % specimen) print(df) # Variables to plot. x = df.antimicrobial_name y_n = df['ASAI_SCORE']['n'].values y_p = df['ASAI_SCORE']['p'].values y_u = df['ASAI_SCORE']['u'].values # Constants colormap_p = scalar_colormap(y_p, cmap='Blues', vmin=-0.1, vmax=1.1) colormap_n = scalar_colormap(y_n, cmap='Reds', vmin=-0.1, vmax=1.1) colormap_u = scalar_colormap(y_u, cmap='Greens', vmin=-0.1, vmax=1.1) # ---------- # Example # ---------- # This example shows an stacked figure using more than two categories. # For instance, it uses gram-positive, gram-negative and gram-unknown. # All theindexes go within the range [0,1]. # Create the figure f, axes = plt.subplots(1, 3, figsize=(7, 8)) # Plot each category sns.barplot(x=y_p, y=x, palette=colormap_p, ax=axes[0], orient='h', saturation=0.5, label='Gram-positive') sns.barplot(x=y_n, y=x, palette=colormap_n, ax=axes[1], orient='h', saturation=0.5, label='Gram-negative') sns.barplot(x=y_u, y=x, palette=colormap_u, ax=axes[2], orient='h', saturation=0.5, label='Gram-unknown') # Configure sns.despine(bottom=True) # Format figure plt.subplots_adjust(wspace=0.0, hspace=0.0) # Remove yticks axes[1].set_yticks([]) axes[2].set_yticks([]) # Set title axes[0].set_title('Gram-positive') axes[1].set_title('Gram-negative') axes[2].set_title('Gram-unknown') # Set x-axis axes[0].set_xlim([0,1.1]) axes[1].set_xlim([0,1.1]) axes[2].set_xlim([0,1.1]) # Remove ylabels axes[1].set_ylabel('') axes[2].set_ylabel('') # Adjust plt.tight_layout() # Show plt.show() .. rst-class:: sphx-glr-timing **Total running time of the script:** ( 0 minutes 6.500 seconds) .. _sphx_glr_download__examples_indexes_plot_asai_b_multiple.py: .. only:: html .. container:: sphx-glr-footer sphx-glr-footer-example .. container:: sphx-glr-download sphx-glr-download-python :download:`Download Python source code: plot_asai_b_multiple.py ` .. container:: sphx-glr-download sphx-glr-download-jupyter :download:`Download Jupyter notebook: plot_asai_b_multiple.ipynb ` .. only:: html .. rst-class:: sphx-glr-signature `Gallery generated by Sphinx-Gallery `_